微波具有稳定性、高频性、热特征和非热特性四大特点，这决定了微波萃取具有以下特点：
1、试剂用量少、节能、传染小。
2、加热平均，且热效率较高。传统热萃取是以热传导、热辐射等方式自外向内传递热量，而微波萃取是一种“体加热”过程，即内外同时加热，因而加热平匀，热效率较高。微波萃取时不高温热源，因而可打消温度梯度，且加热速度快，物料的受热时间短，因而有利于热敏性物质的萃取。
3、微波萃取不存在热惯性，因而进程易于把持。
4、微波萃取无需干燥等预处置，简化了工艺，减少了投资。
5、微波萃取的处理批量较大，萃取效率高、省时。与传统的溶剂提取法比拟，可节俭50％～90％的时间。
6、微波萃取的取舍性较好。因为微波可对萃取物资中的不同组分进行抉择性加热，因此可使目的组分与基体直接分别开来，从而可进步萃取效力跟产品纯度。
7、微波萃取的结果不受物质含水量的影响，回收率较高。
基于以上特色，微波萃取常被誉为“绿色提取工艺”。当然，微波萃取也存在一定的局限性。例如，微波萃取仅实用于热稳定性物质的提取，对热敏性物质，微波加热可能使其变性或失活。又如，微波萃取请求药材具有良好的吸水性，否则细胞难以吸收足够的微波能而将自身击破，产物也就难以释放出来。再如，微波萃取过程中细胞因受热而破裂，一些不盼望得到的组分也会溶解于溶剂中，从而使微波萃取的选择性显著降低。
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