根据化学分析萃取和植物有效成分提取的不同要求，目前用于微波萃取和提取的微波系统具有很大的差异，从简单的家用电器微波炉加烧瓶/烧杯，或带有装回溜装置的改造型家用电器微波炉，专门设计的具有温度控制系统和回溜装置的微波化学合成/萃取系统、完善的、专门设计的具有温度、压力、有机气体监测和程序控制的微波样品萃取制备系统。
1、家用电器微波炉加烧瓶/烧杯
用简单的烧瓶/烧杯放入家用电器微波炉中进行微博萃取的实验研究工作，是初期微波萃取研究的方法，介于经济原因，目前仍在一些高校和研究院所采用。这种设备应用的突出优点是设备简单，成本低，不足之处是萃取条件不易控制，试剂挥发严重，操作繁琐并有可能发生危险。
2、装回溜装置的改造型家用电器微波萃取设备
使用装有回溜装置的改造型家用电器微波萃取设备，萃取方法基本与常规电炉加热相同，一般一次可萃取的样品量比较大，试剂用量和样品将达到几百或上千克，为克服微波（在2450MHz）辐射穿透不足的问题，需要增加电磁或机械搅拌部件。
3、专门的微波消解/萃取系统
同时具有消解和萃取功能的微波样品制备系统（如上海新仪微波化学科技有限公司生产的
微波萃取仪）。适合于化学分析的样品萃取，一次可以同时处理数十个或更多的被萃取样品，效率高。这种技术的样品容器设计时，考虑到微波（在2450HMz）辐射穿透的问题。因此，不需要附加搅拌功能。分析化学实验室的样品测定和研究应用这种系统。
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